Die Datenbank ist der Speicher, in dem ein CMS oder eine Webanwendung ihre Inhalte und Daten ablegt: Seitentexte, Nutzer, Bestellungen, Einstellungen — strukturiert in Tabellen, sodass sie schnell durchsucht und kombiniert werden können. Bei Websites ist das fast immer MySQL oder MariaDB, bei individuellen Anwendungen auch PostgreSQL. Die Datenbank läuft auf dem Server und ist für Besucher unsichtbar; das CMS holt bei jedem Seitenaufruf die nötigen Inhalte daraus und baut die Seite zusammen.

Für Auftraggeber ist die Datenbank an zwei Stellen greifbar: beim Backup (eine Sicherung der Website ohne Datenbank ist wertlos, weil die Inhalte fehlen) und beim Datenschutz (persönliche Daten aus Formularen, Nutzerkonten und Bestellungen liegen hier — also gelten hier die Anforderungen an Zugriffsschutz, Löschfristen und Serverstandort). Bei der Übergabe einer Website gehört der Datenbankzugang zu den Zugangsdaten, die beim Unternehmen liegen müssen.